「활동 중의 관상」「오관과 영혼의 기능들의 활용을 중시한 영성」「순명」「영의 식별」로 요약되는 이냐시오 성인의 영성은 종교개혁으로 교회가 위기에 처했을 때 교회 안에 중요한 영성으로, 예수회의 영성으로 자리매김 했다.

이냐시오 성인은 당시 고유한 카리스마로 기존의 수도회와는 다른 수도생활을 제시했다. 예수회원들은 세상을 떠나 수행을 하는 것이 아니라 세상 안에서 적극 투신하며 그리스도의 모범을 따르는 활동을 수행할 것을 강조했다. 그는 시대의 문제와 요청에 적절히 대처할 수 있는 그리스도교 생활 양식으로 새로운 영성을 형성해야 한다고 생각했다. 그러기에 새 영성의 형성을 염두에 두고 그리스도인 생활의 본질적인 차원의 기도와 활동을 이상적으로 통합하고자 했다. 그는 세상에 대한 새로운 견해와 전망 중에 사도직을 수행하고자 했던 것이다. 수도적 봉헌생활과 세상에 대한 봉사를 분리하고자 했던 당시의 일반적 견해와 달리 기도와 일은 하느님에 대한 보다 큰 봉사를 위한 상호보완 수단으로 여겼던 것이다.

이와 함께 이냐시오 성인은 지성, 감성, 기억 등 영혼의 기능과 오관을 사용해 예수 그리스도의 생애의 신비를 묵상토록 했다. 이것은 특히 영성수련 과정에서 예수님의 공생활과 사건을 위해 묵상하도록 했으며 그리스도의 신비에 대한 감성적 경험을 위해 인간이 지닌 기능들을 사용하길 권장했다. 또 오관은 성서말씀을 묵상하는데 활용토록 했으며 이로써 기도를 생동감있게 하길 권했다. 외적인 감각이 영적 감각으로 전이되면서 그리스도와 친밀성을 체험할 수 있다는 것이다.

이냐시오 성인은 그리스도에 대한 섬김은 교회에 대한 충성으로 이어지며 교회에 대한 충성은 교황에 대한 순명과 예수회 장상에 대한 순명으로 구체화된다고 말했다. 그는 성서 안에서 나타나는 신앙인들의 근본자세가 순명임을 강조하고 세 종류의 순명에 대해 가르쳤다. 첫 단계인 「시행적」순명은 명령받은 것을 행동으로 옮김으로써 실천되는 것이고 둘째 「의지적」 순명은 순명하는 이가 명령하는 이와 똑같은 의도로 이루어지는 것이라고 말했다. 마지막으로 「완전한」 순명은 순명하는 이와 판단하는 장상의 이해를 일치시키는 것이다. 그러므로 순명에서 중요한 것은 순명하는 이의 편에서 장상의 명령에 대한 올바른 태도다.

이냐시오 성인의 영성을 식별의 영성이라 할만큼 그의 영성은 「영의 식별」로 강조된다. 이 영성은 영혼의 내부에 일어나는 마음을 감지하고 이해하면서 하느님께서 일으켜 주시는 움직임을 식별하고 거기에 드러난 하느님의 뜻을 기꺼이 실행하고자 하는 열망을 강조했다.

영의 식별은 악의 영향을 떨쳐 버리고 예수 그리스도의 빛에 따라 올바른 생활 양식을 찾아내고 주님의 요구에 따라 그것을 실천에 옮겨가는 과정이다. 식별의 기준은 무엇보다 성서를 바탕으로 이뤄질 것을 언급하고 있다. 또한 이냐시오는 교회의 가르침과 좋은 영적 지도자의 조언이 영의 식별에 유익하다고 말하고 있다.

이냐시오 성인의 이 모든 영성은 예수회 수도자들의 삶과 영성수련이라는 방법을 통해 실천되며 교회 안으로 확산되고 있다.