교서는 교회 운영에 대해서는 크게 교구 운영과 본당 운영의 두 부분으로 나눠 설명하고 있다. 먼저 교구 운영에서 크게 주목되는 것은 조직의 개편 방향이다. 교구-지역-지구-본당이라는 기존의 교회 구조를 중심으로 하되 삶의 현장이 중심이 되는 사목 구조를 지향하며, 이를 돕고 활성화하는 방향으로 변화를 모색하고 교구 조직을 재편하고자 한다고 강조했다.

사목 논의 구조의 활성화와 관련해, 모든 분야에서 교구 구성원들이 공동 책임 의식을 가지고 적극적으로 참여하는 논의 구조를 활성화하여 사목적 교류와 협력의 극대화를 이루는 것을 겨냥하고 있다. 교구 사목평의회, 지구 사목평의회, 지구 사제회의 등을 적극 활용하고 활성화해 모든 교구민들의 의견이 충분히 반영되도록 할 예정이다. 재정, 사제인사 등에서도 보다 효율적인 처리가 되도록 투명성과 전문성을 강화할 필요성이 지적됐다.

아울러 교구장 주교의 사목교서 작성을 위한 의제 선정과 반포 등에 있어서도 하느님 백성의 소리가 적극 수렴되고 본당에서 실천될 수 있도록 광범위한 의견 수렴을 통한 의제 선정과정, 작성 과정을 거치도록 하겠다고 강조했다.

본당 운영에 있어서 가장 눈에 띄는 것은 신자들이 복음화를 위한 교회의 사명에 적극적으로 참여할 수 있도록 모든 신자들에게서 균형 있는 의견을 수렴하고 신자들이 능동적인 참여를 할 수 있는 구조로 변화되어야 한다는 지적이다.

본당 운영은 친교의 공동체로서의 교회상을 구현하고, 지역 사회의 복음화를 이루는 데에 초점을 맞추어야 한다는 원칙을 철저히 준수할 때 본당 공동체는 신자들의 자율적 참여와 활동으로 생동감 넘치는 초대 교회 공동체 모습을 구현할 수 있다는 것이 교서의 생각이다.

사도직 단체의 균형 있는 성장도 지적되는데, 본당 사목구 주임은 본당 공동체 안에 다양한 사도직 단체와 신심 단체들이 균형 있는 발전과 성장을 할 수 있도록 사목적 배려를 해야 하고 본당 안에서 구역 반 소공동체와 다양한 사도직 단체들이 상호보완적으로 발전할 수 있도록 소공동체와 각 단체들의 성격과 관계를 명확히 구분하는 지침을 마련할 것이라고 말했다.

본당 재정의 합리성과 투명성은 본당 구성원들의 교회 활동에 대한 관심과 참여를 촉진시키고, 상호 신뢰를 바탕으로 한 친교 공동체 구현의 중요한 요소라는 인식 아래 본당 재정 규정을 작성하고 이 규정에는 첫째, 본당 내에 교회법이 명한 재무 평의회 설치, 둘째, 각종 기금과 헌금 등 본당 재정의 공개, 셋째, 본당 예산과 집행에 대한 정기적 감사, 넷째, 사무장 업무에 대한 관리 감독 강화, 다섯째, 교무금이나 헌금의 전산화 및 은행을 이용한 관리 시스템 구축 등을 포함시킨다.

사목계획서의 작성에 있어서도 본당의 다양한 계층과 구성원들이 참여하여 작성해야 하고 이를 위하여 사목계획서 작성을 위한 신자들의 의견 수렴 과정과 참여 방안에 대한 원칙을 마련할 것을 권고하고 있다. 마지막으로 구역, 반 소공동체로 이뤄진 본당 공동체의 이상을 지적하고 소공동체 운동에 더욱 매진할 것을 권고하고 있다.