1880년 7월 지역 주교의 공식 인준을 받고 수녀회가 첫 착복식을 가진 가운데 설립자 알퐁소 신부는 자신의 일을 반대하는 이들의 시기, 중상 모략도 기도와 인내로 받아들이고 하느님의 거룩한 섭리에 의지하면서 수녀들에게 영적 유언을 전했다.

『그대들은 겸손하고 서로 사랑을 실천하는 성녀가 되시오. 서로 사랑하고 용서하며 한 분이신 하느님의 섭리에 의지하시오. 나는 하늘나라에서 항상 그대들을 생각할 것이며 또한 그대들을 위하여 기도할 것이오』

1895년 2월 로마에 첫 공동체가 설립된 후 수녀회는 그 이듬해 수녀회 잡지를 발간했고 1906년에는 미국 뉴왁에서 첫 선교를 시작했다.

1917년 교황 베네딕도 15세에 의해 교황청립 수녀회로 인준을 받은 세례자 성요한 수녀회는 이어서 1935년 교황 비오 11세에 의해 최종 회헌을 인준받았고 그로부터 4년후인 1939년부터는 브라질 이타페체리카를 시작으로 해외 선교에 박차를 가했다.

계속해서 칠레 잠비아 캐나다에 수녀들을 파견한 수녀회는 1977년 2월 인도에 발을 내딛음으로써 아시아 선교를 향한 노력을 시도했다.

한국으로의 진출은 1983년 필리핀 선교에 이어 1990년에 이루어졌다. 1988년 6월 16일 수원교구장의 승낙으로 한국에서의 활동을 준비한 수녀회는 1990년 아퀼리나 카스코네 수녀, 마리아 데레사 타벨라(Maria Teresa Tabella) 수녀, 베티 유(Betty yu) 수녀가 한국에 입국함으로써 본격적인 한국 선교를 가동했다.

수원시 장안구에서 공동체 생활을 시작했던 수녀회는 영어교육 실시로 사도직 활동을 전개했고 1995년 수녀회 본원 축복, 1997년 어린이집 개원 등 행사가 잇따랐다.

이들의 사도직 지향은 「가난한 이들」 「버림받은 이들」 「위험에 처해 있는 이들」 및 특히 어린이, 청소년 그리고 젊은이들에 맞추어져 있는데 현재 한국에서의 활동은 어린이집 운영과 수원교구를 중심으로한 본당 사도직 활동으로 크게 나눠진다.

어린이집 운영은 세례자 성 요한 수녀회가 창립 당시 사회혼란으로 길에 버려진 많은 소년 소녀들을 데려다 이들을 보호해 주고 올바른 인간생활을 할 수 있도록 필요한 보육 및 교육 등을 실시하였던 특별한 영성을 따른 것.

그런 면에서 어린이들에게 건전하고 밝은 성장 및 올바른 인격 형성을 도모해 주며 어린이들의 가정 환경을 보다 나은 방향으로 추구함과 동시에 지역 사회의 복음화를 실천한다는 목적을 담고 있다.

또 본당 전교 활동의 경우 지역 교회 안에서 사회복음화 활동에 적극 협조하며 냉담자, 소외된 이들, 병고에 시달리고 있는 이들, 물질적 가난으로 고통받고 있는 이들 등 도움이 필요한 이들에게 하느님을 향한 희망과 용기를 잃지 않도록 격려와 기도로써 함께 한다는 정신을 구현하기 위한 것이다.

한편 세례자 요한 수녀회는 한국에 이어 1991년 폴란드 선교에 착수했고 계속해서 아르헨티나(1994) 남아프리카공화국(1995) 진출을 비롯 멕시코(1996), 마다가스카르(1998), 말라위(2000), 몰도바(2000) 등에까지 선교 지역을 확대해 나가고 있다.