교회와 정치 공동체가 구분된다고 하는 의미는 그러나 단순히 현세적 권력과 영적 권력의 구분으로만 이해해서는 안 된다.

교회와 정치 공동체는 현세질서에 매어 있으면서 역사 안에서 살고 있지만, 영원한 자기 소명을 온전히 보존하고 있는 바로 그 인간에게 봉사한다. 따라서 교회와 정치 공동체는 권력의 양태에 의해 구분된다는 것이 아니라, 이 세상에 살면서도 하느님의 소명을 받은 모든 인간에게 봉사하는 영역과 조직, 방식에서 구분되는 것이다.

교회와 정치 공동체는 이렇게 서로 구분되지만 인간의 초자연적 소명에 봉사한다는 의미에서 협력도 가져야 한다. 이를 위해 전제되어야 하는 것이 있다. 교회는 정치 공동체와 관계에서 자신의 사명수행을 위한 활동의 자유를 누려야 한다. 공의회 문헌 종교자유선언 13항은 다음과 같이 교회의 자유를 선언한다.

“교회의 선익은 물론 지상 국가의 선익과 관련된 것, 곧 온갖 침해로부터 언제 어디서나 보존하고 수호해야 하는 것 가운데 가장 귀중한 것은 분명히 교회가 인간의 구원에 필요한 행동의 자유를 완전히 누리는 것이다. 이것은 신성한 자유다. 이 자유로써 하느님의 외아들께서 당신 피로 얻으신 교회를 풍요롭게 하셨다. 참으로 이 자유는 교회의 속성이므로 교회를 공격하는 자는 하느님의 뜻을 거스르는 자가 된다. 교회의 자유는 교회와 공권력과 모든 국가 질서의 관계에 대한 근본 원리이다.”

이러한 교회의 자유는 같은 문헌에서도 밝히고 있듯이 주 그리스도께서 세우시고 온 세상에 가서 모든 사람에게 복음을 선포할 임무를 맡기신 교회가 계시를 바탕으로 받은 자유다.

정신적 권위로서 교회는 인간 사회와 온갖 공권력 앞에서 이 자유를 요구하며, 국가 사회에서 그리스도교 신앙의 규정을 따라 생활할 권리를 요구하는 것이다(참조: 종교 자유 선언 13항). 이러한 교회의 자유는 마땅히 교회와 그 근본적 조직과 어울리는 국가법을 통하여 인정되고 보장되어야 할 것이다.

교회의 자유와 관련하여 그 구체적 내용들을 보자면 먼저 가르치는 사명에 있어서 신앙과 교리, 그리고 현실에 대한 초자연적 원칙의 설명 등을 자유로이 할 수 있어야 할 것이고 거룩하게 하는 사명과 관련해서는 전례거행과 성사집전 등 예식의 자유 등이 보장되어야 할 것이다.

그리고 사목통치사명과 관련해서는 고유한 법률을 제정해서 사목할 권리와 자체 교역자들을 선발하고 교육하고 임명하고 이동시키며, 외국의 종교 권위나 단체들과 교류하고 종교건물도 세우고 적합한 재산을 취득하고 사용할 권리와 자유 등이 보장되어야 할 것이다(종교 자유 선언 4항 참조).