일제하 민족적 과제는 반침략·반봉건이었다. 대개 지금까지의 연구에 따르면 한국교회는 반봉건 근대화에는 기여한 바가 적지 않으나 이에 반해 반침략성은 결여된 것으로 평가되고 있다.

그 원인으로는 한구교회가 선교 방침으로 내세운 「정교 분리 원칙」이 지적된다. 이 원칙은 곧 『교회는 고유한 선교활동에 전념할 뿐 정치적인 문제에는 전혀 간섭하지 않는다』는 것이다. 이에 따라 민족적 과제 수행에 있어서 한국교회는 정치적인 저항운동은 지양하고 교육, 언론과 같은 온건한 문화 활동을 통해 점진적으로 근대화를 추진하는 입장을 선택했다.

물론 이러한 평가는 교회를 어떻게 개념하는가에 따라 달리 나타날 수 있다.

즉 「교계 제도」로서의 교회인지 또는 「하느님 백성」으로서의 교회인지에 따라 평가가 다를 수 있다는 것이다.

당시 한국교회의 통치권자들은 신자들의 저항운동을 배격할 뿐만 아니라 나아가 그 도를 넘어 단죄하기까지 했다.

하지만 일부 성직자와 평신도들은 무력항쟁 등 여러가지 방법으로 민족운동에 참여했고 그로 인해 교회 내에 갈등이 발생하기도 했다.

이러한 상황은 교회의 운명에 대한 우려에서 선교의 자유와 교회의 존속을 위해 내린 단안이라는 것이 통설로 돼 있다. 물론 여기에는 한국교회의 박해 체험, 선교사들의 의식 등 여러가지 복합적인 요인들이 있는 것 또한 사실이다.

예컨대 3·1운동 당시 교회 당국은 신자들이 시위에 가담하지 않을 것으로 기대했다. 교회 당국은 그 동안 신자들의 무력 독립운동 참여에 강경하게 대처해 왔기 때문이다. 하지만 이러한 기대는 크게 어긋나 대구의 신학생들이 가장 먼저 궐기했고 이어 서울의 신학생, 또 평신도들이 해주, 강화, 고양, 경기도 광주, 수원, 안성 등 주요 도시의 시위에 골고루 참여했다. 무장 독립 투쟁에 대해 교회는 죄악시했다. 이는 원산성당 백(白, Bret) 신부와 안중근의 관계 등을 통해 분명하게 확인된다.

교회의 공식적인 입장은 비폭력적인 민족주의 운동에 대해서는 일정한 이해가 있었지만 직접적인 무장 투쟁에 대해서는 반대하는 것이었다.

하지만 실제로는 신자들 중에서 천주교의 선교 정책이나 선교사들의 방침을 거부하고 자신의 양심에 따라 무장투쟁에 나섰다. 그 시기는 대략 「한일합방」을 전후한 시기데 시작됐다.

무장 항쟁은 3·1운동 이후 간도지방에서 본격적으로 전개됐고 그 대표적인 움직임으로는 1920년 6월부터 1921년 9월 사이에 신자들의 무장투쟁단체로 존속했던 의민단이 있다. 이들의 무장투쟁은 전체 독립운동 과정에서는 극히 일부의 역할을 담당한 데 지나지 않았다.

아울러 이들의 행동은 당시 교계 제도를 중심으로 한 교회사에서는 서술될 수 없었다. 식민치하의 교회 당국에서 이들의 행동은 긍정적인 평가를 받을 수 없었다. 하지만 민족사와 관련해 검토할 때 그것은 상당한 의미를 가진 것으로 평가된다.