선교사들은 쇠사슬 형구를 목과 팔에 걸고 목롱 속에 갇혀 광주로 압송되어 광주성당에 연금시키고 외출이나 선교활동을 금지하였다. 종명인 수사는 광동 신회 사람으로 마카오에서 입교하였다. 리치 신부를 도와 만역 황제에게 진공을 하였으며 서양 선교사들의 번역하는 일을 도왔다. 종명인 수사는 체포되어 수차 고문을 당하고 변방에 노(奴)로 신분이 격하되었는데 어느 관리의 도움으로 풀려나 항주에서 병사하였다. 종명예 수사는 종명인 수사의 동생으로 역시 마카오에서 세례를 받았다. 종명예 수사는 배에서 노를 젖는 고역형을 선고 받아 3년간 이 일을 하였는데 교우들이 모금을 하여 보석금을 바치고 석방시켜 주었다.

서양 선교사 7명이 항주 교우 양정균의 집에 은익해 있었다. 이때 항주 교우가 1천6백여 명 되었다. 관원들은 서양 선교사들이 양정균의 집에 은익해 있는 것을 알고도 그의 명성 때문에 체포하지 못하였다. 서양 선교사들은 양정균의 집에서 중국의 언어와 문학을 깊이 연구하였다. 아레니 신부는 특히 중국 풍속과 경서에 조예가 깊어「서래(西來) 공자」라 불렀다. 양정균은 26세에 진사가 되었으며 복건성 지사를 거쳐 1598년 감찰어사로 승격되었다. 양정균은 1611년 부활절에 세례를 받았으며 흥인회란 단체를 조직하고 매월 모금하여 옷과 약 등을 사서 가난한 사람들을 도와주고 땅을 사서 가난한 사람들의 묘지로 쓰게 하였다. 서광계 이지조 양정균 이 세 사람은 중국 초기 교회에 주석이다. 어느 지방에서는 지방관이 평소 선교사들과 친분이 두터워 체포하지 않은 곳도 있었다.

광동성은 하류 통도가 많아 배를 타면 다른 지역으로 가기가 용이하였다. 바뇨네 신부는 중국 성명이 왕풍숙이었는데 성명을 고일지로 바꾸고 강주로 가서 선교하다가 항주를 경유하여 서안으로 가서 선교하였다. 세메도 신부는 중국 성명이 사무록이었는데 증덕소로 다른 신부들도 배를 타고 내지로 들어왔다. 북경에서 체포된 우르시스 신부와 판토자 신부는 일단 남경으로 압송되었다가 광주로 구축되었다. 판토자 신부는 1618년 병사하였다. 남경교난은 당시 기록이 상세하지 않아 희생자의 수를 확실히 알 수 없으나 여러 가지 기록을 검토해 보면 바뇨네 신부, 세메도 신부, 판토자 신부, 우르시스 신부, 심비아시 신부, 롱고바르디 신부, 로카 신부, 카타네오 신부, 스필라 신부, 페레이라 신부 등 10명의 신부는 광주로 압송되고 실바 신부는 부관 모욕을 당했다. 수사 2명은 고역형을 당하고 교우 2명은 옥사하였다. 모두 47명이 체포되어 고문을 당했으며 남경교난 자료를 조사한 결과 당시는 남자성당과 여자성당이 따로 있는 것을 발견하게 되었다.

남경교난은 오래지 않아 풍파가 또 일어났다. 1620년 심최가 예부상서로 승격되어 북경으로 오게 되었다. 1621년 당시 황제가 나이가 어려 환관 위충현과 유조상이 대권을 쥐고 있었는데 심최는 이들과 결탁하여 박해를 또 일으켰다. 당시 산동성에서 백련교가 난을 일으켰는데 심최는 심최는 천주교가 백련교와 같은 것이라고 무고하였다. 심최는 1621년 파직되었으며 파직된지 3년 만에 서세하여 교난은 끝나고 조용해졌다. 또 명 정부가 위기에 처해 선교사들에게 마음을 쓸 여유가 없었다. 남경교난의 영향은 물질상의 큰 손실을 입기도 하였지만 중국인의 감정에 배외 구교정신을 격발시켰다고 볼 수 있다. 심최는 배외적인 사상을 견지하고 금교정책을 밀고 나갔다. 남경교난으로 북경에서부터 남경, 항주, 상주, 남창, 광주를 비롯하여 전국적으로 소란을 피웠다. 천주교가 16세기 중국에 들어와 최초에 가장 큰 교난이었으며 교세는 잠시 침체되었다. 임계육의 주이논약 이생광의 유교정의 진후광의 변학추언 등은 전통문화 입장에서 외래종교를 배격하였으며 반교와 배외사상을 유포하였다.