송광 지부는 브랑카티 신부에게 송별연까지 베풀어 주었다. 복건, 강소, 호광 등지에서는 성당을 파괴하지 않았으며 교우들도 아무런 피해를 입지 않았다. 또 어느 지방관은 선교사들을 체포하라는 공문을 받고도 체포하지 않고 단지 북경으로 가라는 통지만 하였다.

산서, 섬서, 산동, 강서에서 선교하던 선교사들은 능학을 당했다. 산서에서 선교하던 아우게리 신부 등은 형구를 채워 북경까지 압송하여 그 고생은 이루 말할 수 없었다. 또 교우들에게는 편태를 때리며 배교를 강요하였다. 산서의 박해가 가장 심하였으며 많은 교우가 치명하였다. 선교사들 중에 한 명은 북경으로 압송되는 도중 지쳐서 서세하였다.

각 성에서 압송된 선교사들 중에는 중국에서 30∼40년 선교한 고령 층도 다수 있었으며 머리가 호백이었다. 페르비스트 신부 등 4명은 북경에 남아 있고 25명은 1665년 9월 15일 장도에 올라 천신만고 끝에 6개월 만에 광주에 도착하였으며 이때 예부 관원이 감시하기 위하여 따라갔다.

25명의 선교사들은 예수회 수도원에 연금시키고 외출이나 선교활동을 못하게 하였으며 광주 총독이 감시하였다.

북경에 강진이 발생하여 궁전 및 성 내에 건물이 모두 흔들리고 건물이 쓰러진 곳도 많았다. 샬 신부가 수금된 감옥의 담도 붕괴되었다. 황제와 태후 궁중 사람들은 천막을 치고 노숙을 하였으며 대신들은 모두 놀라 궁중을 빠져나갔다.

1665년 4월 중순 조정 대신 2백여 명이 모여 어전 회의를 하여 최종 확정을 한 후 최후 허락을 얻기 위하여 서류를 황태후에게 가져갔다. 불괴를 도모한 증거는 전혀 없었다. 황태후는 서류를 보고『샬 신부는 선제(先帝)의 훈신(勳臣)인데 죽음으로 몰고 있느냐?』며 서류를 던지며 대노하였다. 샬 신부 이하 북경에서 체포된 교우들은 황태후의 배려로 전부 석방되었다.

양광성은 흠천감 감정이 되었고 부감에 오명선이 되었다. 양광선은 북경 서당을 점거하여 자신의 주택으로 하고 성당 안에 있던 성상과 성화는 전부 소각시키고 순치제가 하사한 통현교사라고 씌여진 대리석 현판을 치워 버렸다. 양광선은 이것으로도 부족하여 성당을 파괴해야 된다고 상소를 올려 보정대신의 비준까지 얻었는데 성당을 파괴하는 날짜를 잡기도 전에 그는 흠천감에서 크게 실수를 하였다.

양광선은 천문학에 대한 지식이 적었고 역법을 정확하게 계산을 못하였다. 1666년 6월 17일 일식과 동년 7월 2일 일식 두 차례나 계산을 잘못하여 시간을 맞추지 못하였다.

강희제가 14세가 되었으므로 1667년 8월 25일 친정을 선포하였다. 황태후는 누누히 강희제에게 선제 때 서양 선교사들이 수역을 잘 하여 착오가 없었던 것을 말해 주었다. 강희제는 1668년 12월 대신 3명을 동당으로 보내어 페르비스트 신부를 데려오게 하여 흠천감 일을 맡겼으며 페르비스트 신부는 처음에 부감으로 있다가 곧 감정이 되었다.

남당은 페르비스트 신부에게 돌아갔으며 그는 일식 월식을 비롯하여 역법을 정확하게 계산했을 뿐만 아니라 천문 기계도 제작하고「삼번의 난」때 당시 최첨단 무기인 대포를 주조하여 청정부에 큰 공을 세웠다.

박해자 양광선은 무고죄로 처자는 영고탑으로 유배되고 양광선은 연로하여 사죄를 면하게 되었다. 샬 신부는 석방된 후 날로 몸이 쇠약해져 1666년 8월 15일 75세로 서세하였다. 샬 신부는 만역제가 1670년 10월 19일 마태오 리치 신부 바로 옆에 안장되었다.

광주로 압송된 선교사들은 강희 9년(1670년) 연금에서 풀려나 내지에 들어가 공개적으로 선교하게 되었다. 압송된 선교사들 중에 6명은 이미 서세했고 19명이 남아 있었다. 광주로 압송된 선교사들은 광주에 있으면서 중국 선교에 대한 전반적인 문제와 예의문제를 오랫동안 토론하였다. 강희제는 자연 과학을 좋아하여 서양 선교사들을 궁중으로 불려들여 강의를 하게 하고 경청하였다.