중국 천주교가 순조롭게 발전되어 가고 있었는데 갑자기 예의문제로 크게 위축되었다. 예수회는 처음에 중국에 들어와서 중국의 고유 풍속과 습관에 영합주의적이었다. 그리하여 마태오 리치 신부는 처음에 승복을 입었으며 승복이 전교하는 데 도움이 되지 못한다는 것을 깨닫고 유생복으로 바꾸어 입었다. 리치 신부는 중국에서 중국 서적을 읽고 사대부들과 친숙하게 지내면서 자기의 경험과 이해로서 중국 선교는 중국 고례를 폐제해서는 안 된다는 것을 알았으며 만일에 그렇지 않았으면 중국인의 반감과 기시를 크게 일으키게 될 것이라는 것을 알았다.

회교, 유태교, 경교 모두가「가드」(God)를 중국에서 적당한 번역을 찾아내지 못하여 고심을 하였다. 리치 신부는 중국 고전에서 천지를 주재하는「천」과「상제」에서 천주라는 명사를 찾아내었으며 보유론적인 선교 방식을 택하였다. 그가 살아있을 때는 반대하는 사람이 거의 없었다. 또한 선교상에 많은 효과를 거두었다. 그가 서세한 후 문제가 제기되기 시작하였다. 리치 신부의 후임자 롱고바르디 신부는「천」과「상제」는 조물주의 뜻이 아니며 경공, 조제(祖祭)는 미신에 속하는 행위라고 반대 입장을 취하였다.

스페인 도미니꼬회 회원들은 마카오를 통해 중국 내지(內地)로 들어올 수 없었으므로 대만을 발판으로 하여 복건성 복안에 들어와 선교하였으며 복안은 도미니꼬회 선교의 거점이기도 하였다. 1631년 도미니꼬회 안젤로 꼬치 신부가 복안에서 선교를 시작하였다. 다음해 같은 회 모랄레스 신부와 프란치스코회 까발렐로 신부 2명이 복안에 증원되어 선교를 하였다.

예수회는 새로 창립된 수도회로서 회원들이 학식도 있고 진취적인 정신을 가지고 있었으며 선교 방법에 있어서도 진보적이었다. 도미니꼬회와 프란치스꼬회는 창설된지 오래된 수도회로서 전통적이고 보수적인 방법으로 선교하였다. 파리외방선교회는 1664년 창설된 선교 단체로서 당시 프랑스에서 얀센니즘이 성행하여 엄격한 것을 좋아하여 예수회의 관대한 태도를 좋아하지 않았다.

까바렐로 신부는 중국어를 배우는데「제자가 나오자 그 글자가 무슨 뜻이냐고 묻자 중국어를 가르치던 사람이 천주교의 미사와 같은 것이라고 설명하였다. 까바렐로 신부는 그 후 곧 공자에게 제사를 지내는 것과 조상에게 제사 지내는 것을 미신행위로 간주하고 교우들로 하여금 제사를 못 지내게 하였다. 도미니코회에서 교우 11명을 불러서 제사에 대하여 상세하게 물어 기록을 한 다음 까바렐로 신부는 배를 타고 필리핀으로 가서 마닐라 주교에게 주었으며 마닐라 주교는 즉시 이 서류를 로마 교황청으로 보냈다.

모랄레스 신부가 중국에서 구축된 후 1643년 로마로 가서 17개 항의 문제를 교황청에 제기하였다. 교황 인노첸시오 10세는 1645년 9월 12일 모랄레스 신부가 제출한 서류를 비준하고 훈령을 내렸다. 중국 예수회는 경악을 금치 못하고 그들의 의견을 진술하기 위하여 1651년 마르티니 신부를 로마로 파견하였다. 마르티니 신부는 1654년 로마에 도착하여 경공, 조제는 사회의 예의에 속하는 문제로서 종교에 관계되는 문제가 아니라고 설명하였다. 교황 알렉산델 7세는 예수회의 선교 방침을 허용하는 훈령을 1656년 3월 23일 내렸다. 동시에 먼저 발표한 훈령은 폐기하지 않았다.

양광선이 일으킨 2차 교난 때 광주로 구축된 선교사들이 중국 선교 방침에 대하여 40일 동안 토론을 하였으며 참석자는 23명이었다. 최후에 통과된 결론은 41개 항이었으며 1656년 교황 알렉산델 7세의 훈령을 준수하기로 결정을 하고 의결된 내용에 서명을 하게 하였는데 프란치스꼬회와 도미니꼬회 회원들은 서명을 하지 않았다. 프란치스코회 포란코 신부는 1669년 12월 19일 마카오를 떠나 유럽으로 가서 23명이 결정한 내용을 반대하는 연설을 하였다. 포란코 신부는 모랄레스 신부가 제출한 17개 항목이 취소되었는지를 알아보았다.