강희제는 1722년 12월 23일 서거하였다. 박학한 서양 선교사들이 유럽에 보낸 서신에 의하면 강희제에 대한 찬사를 많이 쓰고 있으나 불만이나 원망을 하는 말은 전혀 없었다. 그가 서거한 후 교회는 역사적으로 전환점을 이룬다. 강희제의 넷째 아들인 윤정이 즉위하니 이가 곧 옹정제이다. 옹정제는 본래 천주교에 대하여 혐오감을 갖고 있었다. 강희 만년에 황자들이 황위 계승을 놓고 암투가 있었다. 아홉째 아들인 윤당이 천주교와 우호적이었으며 특별히 예수회 포르투갈 출신의 모라오 신부와는 막역한 사이로 모라오 신부는 윤당을 황태자로 옹립하려고 운동까지 하였다. 옹정제는 즉위하자마자 모라오 신부를 구속한 다음 독살시켰다.

황족 출신의 교우 소노는 청 태조의 장자인데 황제위를 계승 받지 못하여 역대 황제에 대하여 불만을 품어왔다. 강희제는 소노를 회유하기 위해 천장군, 요동, 순무, 팔기를 통솔하는 요직을 맏겼다. 소노의 셋째 아들이 천주교에 입교하면서 소노 일가가 모두 입교를 하게 되었으며 열심한 신앙생활을 하였다. 소노는 강희제의 여덟째 아들인 윤사를 황태자로 옹립하려고 운동을 하였었다. 옹정제가 즉위한 후 소노 일가를 천주교 교우라는 죄목으로 전부 체포해 들였다. 재판관이 옹정제에게 환심을 사기 위해 소노 가족 중에 남자는 모두 참수형을 과하고 여자들은 모두 신분을 종으로 격하시키려고 하였는데 옹정제가 사형을 감하여 각 성에 분산 유배시켰다. 소노 일가는 심한 고문을 당하면서도 배교를 하지 않았다고 한다.

중국에서 정식으로 교난이 시작된 것은 옹정제 때부터라고 할 수 있다. 옹정 원년(1723년)에서 도광 24년(1844년)까지 1백20년간 중국 천주교 사상 금압과 박해시대이다. 천주교를 사교로 간주하여 탄압하고 교회 건립을 금지하고 국민이 천주교를 믿는 것을 허락하지 않았다. 박해가 시작될 때 30만이던 교우가 박해 말기에는 20만으로 감소하였다. 천주교를 박해하면서도 흠천감의 선교사들은 그대로 두어 몇 명의 선교사가 북경에 거류하며 중국인 사제나 전도사를 각지에 파견하여 신앙의 등불을 꺼지지 않게 하였다. 청정부에서 한쪽으로 천주교를 탄압하면서 한쪽으로는 학자와 기술자 선교사를 궁중에 두었던 것은 옹정제가 국민에게 역을 주기 위해서 할 수 없었던 것이다. 파레닌 신부가 옹정제에게 궁중에서 일하는 선교사들이 이미 노쇠하여 유럽에서 젊은 선교사 5명을 초빙해야 한다고 청하자 옹정제가 허락하였다.

옹정 원년(1723년) 복안의 유생 하나가 고발장을 내었는데 내용은『인표(거류증)가 없는 선교사가 마음대로 모금을 하여 성당을 짓는데 사람들이 귀중품을 마구 팔아 성당에 바치고 있으며, 남녀가 한 곳에 모여 풍속에 해를 끼치며, 제사를 지내지 못하게 하고, 양친이 죽어도 전혀 슬픔을 나타내지 않고, 자녀를 적게 갖는 것을 즐거움으로 알고, 처녀를 일생 동안 결혼을 못하게 강요하고 있다. 이러한 것은 오륜과 고 성현의 가르침을 파괴하는 것이다』라고 하였다. 이 고발장은 복건성 총독 만보에게 전해졌으며 만보는 즉시 옹정제에게 상주하였다. 복안에는 당시 성당이 18개나 되었으며 교우도 수천 명이나 되었다. 복안에서 선교하던 선교사들은 도미니코회 회원들로 인표가 없었으나 묵인되어 왔었다.

옹정제는 즉위 전부터 천주교를 싫어하고 좋지 않은 감정을 갖고 있는데다가 중국인의 신앙과 사상문제에 로마 교황이 개입하는 것을 못마땅하게 생각하였다. 옹정제는 즉위하자마자 천주교가 가장 성한 복건성 지방관에게 박해을 일으키게 하고 윈해서 허락한 것처럼 하고 전국적으로 금교를 내린 것이 아닌가 한다.

옹정제 일대의 정치를 보면 권모술수가 심한 것으로 미루어 보아 이쯤은 아무 것도 아닌 것이다. 1723년 11월 22일 복건성 총독 만보의 상소문에『폐하의 충실한 신하인 우리들은 이미 이 사건에 대한 보고서를 상정했습니다. 폐하는 이 사건에 대하여 완전히 알고 계시리라 믿습니다. 우리들은 황공하게도 폐하의 어명을 집행하여 천주교를 복건성에서 금지했습니다』라고 되어 있다. 옹정제는 복건성 만보에게 지시해서 복건성에 박해를 일으키게 하고 그것을 계기로 천주교를 근절시키려 했던 것이다.