옹정제가 1735년 8월 서거하고 건륭제가 즉위하였다. 건륭제는 즉위 후 옹정제가 구속시킨 친왕, 정치범, 소노 일가를 석방시켰으며 소노 일가를 다시 황적에 올려주었다. 건륭제는 영명한 군주로 건륭 38년(1773년)에 사고관을 개설하도록 명령을 내리고 중요한 저서를 모아 사고전서에 넣었다. 건륭제는 마태오 리치 신부의「천주실의」, 페르비스트 신부의「교요서론」, 쥬니어 신부의「경세금언」등을 사고전서에 넣게 하였다. 건륭제가 서양 선교사들이 저술한 책을 사고전서에 넣은 것은 천주교를 좋아해서가 아니라 단지 서양 학문을 받아들이기 위한 것이었다. 건륭제는 사고전서 외에도「대청일통지」「대청회통」등의 거저를 남겼다. 건륭제는 천주교를 박해하면서도 북경에서 봉직하는 서양 선교사들은 그대로 두었다. 서양 선교사들은 중국 조정에 발판을 만들기 위하여 직접 선교와 관계가 없는 천문, 건축업, 장식, 회화 등의 일을 하였다. 황제의 신임을 얻어 교우들을 보호하고 박해가 없도록 하려고 노력을 하였다. 건륭제는 특별히 화가 까스티리네 수사와 화가 아티레 신부, 천문학자 켈글에르 신부 천문학자이며 지리학자인 베노이스 신부들을 특별히 총애하였다.

건륭제는 제위 61년이란 긴 기간 동안 천주교에 대하여 박해를 늦춘 일이 없었으며 박해가 잔인하여 배교하는 교우가 많았다. 서양 선교사들을 구축시켰을 뿐만 아니라 장기간 구속시키거나 사형도 집행하였다. 박해 때 중국인 사제 양성이 시급한데 스페인 선교사들은 중국인 사제 양성에 대하여 결단을 내리지 않았다. 박해 기간 선교사들은 산 속에 숨어 있거나 아니면 동굴이나 작은 배에 숨어 살면서 밤에 사목을 하였다.

첫 번째 박해는 1736년에 일어났다. 건륭제가 즉위한 후 대사면을 내려 유배지에서 풀려난 한 관리가 기뻐서 크게 잔치를 하였는데 미신적인 예식도 하므로 여동생이 교우여서 참석을 하지 않았다. 이 관원은 함께 기뻐해 주어야 할 여동이 참석을 하지 않으므로 화가 나서 1736년 4월 22일 천주교를 고발하였다. 이 고발장은 예부를 거쳐 황제의 비준을 얻었다. 예수회 프랑스 출신의 파레니 신부와 재상 마재와는 36년간이나 친하게 지내온 사이였으나 예부와 형부에게 천주교를 구시하였으므로 마재도 속수무책이었다. 1736년 교난에서『1. 천주교 교우들은 배교를 할 것이며 그렇지 않으면 중형을 과한다. 2. 북경에 봉직하는 선교사들은 백성들에게 입교 권유를 절대 금한다. 3. 만인, 한인을 막론하고 입교하면 중형을 과한다』이와 같은 금령이 내렸다.

두 번째 박해는 전도원 유이가 고아원에서 고아에게 세례를 주는 것을 누가 보고 관청에 고발을 하였다. 관청에서 유이가 금령을 위반했다고 체포하여 심한 고문을 하였다. 문헌에는 세례를 주었다고 되어 있는데 대세를 준 것이 아닌가 한다. 만인 법관이 처음에 사형 판결을 내렸는데 한인 법관이 감형을 하여 장 1백대에 목에 칼을 1개월간 씌우는 형별을 내렸다가 또 감형되어 장 40대로 되었다. 북경에서 봉직하고 있는 까스티리네 수사와 켈글에르 신부, 샬리에 신부 등이 유이를 살리기 위해 건륭제에게 직접 간청을 하였다. 북경에 봉직하는 선교사들은 성당 안에서만 기도와 미사를 봉헌할 수 있고 선교가 금지되어 있었으며 황제가 특히 만인에게 선교를 금지시켰다.

옹정제 때 선교사들을 광주로 구축하였는데 선교사들이 내지로 잠입하여 선교하다가 체포되었다. 도미니꼬회 산 주교는 1680년 스페인에서 출생하였다. 1715년 마닐라에서 중국으로 건너와서 복건성에서 선교를 하였는데 옹정 2년에 광주로 구축되었다. 산 주교는 1730년 2월 24일 주교가 되었는데 청정부에서 본국으로 귀국하라는 명령을 받았다. 산 주교는 1783년 5월 9일 다시 복건성으로 잠입하여 1746년 복안현에서 교우들에게 견진을 주었다. 같은 회 알코벨 신부와 세라노 신부, 로요 신부, 디아스 신부가 복안에 잠입하여 함께 지내며 선교를 하였다.