1963년 9월 29일 교황 바오로 6세는 제2차「바티깐」공의회 제2회기를 개막함으로써 선임자인 교황 요한 23세의 유업을 계승했다.

이때로부터 2년뒤 제4회기가 끝났을때 공의회는 16개의 문헌을 승인했는데 이들 문헌중에는 몇가지 신학적 문제를 명백히 하고 교회의 역할을 규명했으며 종교 자유에 대해 잘못된인식을 제거하고 교회전례를 개정하는 한편 교회의 현대세계참여를 선언했다.

1963년의 연설에서 교황 바오로 6세는 공의회의 사목적 성격을 강조하고 공의회의 목적을, 주교들의 위치를 특별히 고려함으로써 교회의 개념을 보다 완전히 규명하고 교회를 쇄신하며 크리스찬들간의 일치를 회복하고 현대인과 대화를 시작하기 위한 것이라고 천명했다.

공의회 교부들은 교회의 개요에 관한 토의를 다시계속 하면서 공동성의 개념에 대해 토의했는데 이 공동성은 교황과 결합돼있는 주교들은 전체로서 교회내에서 최상권을 행사한다는 의미이다.

일부 공의회 교부들은 주교단과 12사도들간 법적인 실체로서의 연결이 성립될 수 없다고 주장했다. 또다른 교부들은 주교들이 한 집단으로서 그리스도가 사도들에게 부여한 권한을 공유한다고 주장했다.

교회의 개요를 토의하는 동안 제2차「바티깐」공의회에서는 아마도 가장 극적인 논쟁이 1963년 11월 8일 당시 서독「쾰론」대교구장 죠셉 프랑스 추기경이 성무회의(공의회 이후 신앙교리성성으로 개편됨)를 노골적으로 비판하고 성무회의 의장 알프레도 옷타비아니 추기경이 이에 응수한 것이었다.

프랑스 추기경은 성무외회의 절차들이『현시대와 조화를 이루지 못하고 신자들에게 해를 끼칠뿐 아니라 교회외부인들에게는 스캔들을 주고있다』고 비난했다.

이에 맞서 옷타비니 추기경은『어느 누구도 유력한 자문가들이 노련한 전문가들의 도움을 받아 수행한 사전의 충분한 조사없이도 고발되거나 재판을 받거나 단죄하는 일이 없다』고항변했다.

공의회 교부들은 마침내 투표로 공동성에 대해 다음과 같은 입장을 승인하기에 이르렀다. 즉 교황과 또 모든 주교들과 결합돼 있는 주교들은 주교단에 속하며 이 주교단은 교황과 더불어 사도단을 계승하고, 따라서 전체교회에 대해 완전하고 최고의 권한을 갖는다는 것이었다.

회기의 마지막에 공의회 교부들은 전례에 관한 헌장과 사회홍보미디어에 관한 교령을 만장일치로 승인했다.

1964년 9월 14일부터 11월 21일까지 계속된 공의회 제3회기동안 세계 크리스찬노동운동의 의장이었던 파트릭 키간씨는 현대의 공의회 회기에서 연설한 최초의 평신도가 됐다. 또한 여성들도 교회사상 최초로 방청인으로 공의회 참석이 허용되기도 했다.

공의회는 또 핵전이나인구확산문제, 문화나 경제문제, 그리고 가난과 기아문제 등도 해결하려고 고심했다.

공의회 제3회기는 주교들이 교황과더불어 전체교회를 통치하고 지도한다고 선언하면서 교회의 본성에 관한 헌장을 발표했다.

또한 공의회는 교회일치에 관한 교령의 최종초안을 승인했는데 이속에서는 다른 크리스찬교회들에서 발견되는 진정한 크리스찬적 특성들을 긍정적으로 서술하고 양측이 모두 크리스찬들의 분열에대해 공동책임을 져야함을 인정했다.

제3회기는 또한 동방가톨릭교회들에 관한 교령을 승인했는데 여기서는 그들의 상대적인 자치권을 인정하고 그들의 총대주교 권위를 증대시켰다.

공의회는 혼인과 가정문제를 토의하면서 산아제한이나 피임약 사용 등의 문제에 대한 과거부터의 교회입장에 역사적인 의문을 제기했다.

특히벨기에「말리네스-브뤼셀」의 레오 쉐넨스 추기경, 화란「우르레히」의 베르나스 알프링크 추기경, 「몬트리올」의 폴 리거 추기경, 「안티오키아」의 멜키트전례 막시모스 4세 총대주교 등은 이런면에 있어 교회가 어떻게 대처해왔는가를 질문함으로써 가톨릭세계에 일대 파문을 던지기도 했다.

공의회 교부들은 모든 신자들의 경신(敬神)자유의 권리를 확인하는 성명을 원했으나 공의회 관리들이 제4회기까지 성명에 대한 투표를 연기함으로써 실망을 표시하기도 했다.

그후 경신자유에 대한 열렬한 청원이 이루어진 성명이 발표되자 공의회 교부들은 함성을 올리며 오랫동안 박수갈채를 보냈다.

공의회 회기를 마치는 폐막연설에서 교황 바오로 6세는 전체교회를 이끄는데 교황과 주교들간 더욱 직접적인 협력을 원했다고 밝히고 공의회 정신에 따라 교회중앙행정부인 교황청의 개혁에 대한 자신의 계획을 밝혔다.

1965년 9월 14일 제2차「바티깐」공의회 제4회기를 개막하면서 교황 바오로 6세는 협의하고 자문하는 역할을 갖는 상설 주교시노드의 설립을 발표했다.

3만단어로 구성된 현대세계의 교회헌장의 초안에 대한 토의를 벌이는 동안 일부 공의회 교부들은 이 헌장의 형태와 용어 등을 비판하고 그것의 명확성에 의문을 제기했다. 또 일부의 교부들은 이 헌장이 지나치게 자연주의적이며 그리스도에 대해 충분히 중점을 두지 않았다고 지적했다.

또 다른 교부들은 이 헌장이 지나치게 지적(知的)이며 그 방향 또한 지나치게 서구식이라고 주장했다.

무신론문제와 공산주의문제는 격렬한 논쟁을 벌었는데 결국에는 공산주의를 새롭게 단죄하는 결과를 낳았다.

1965년 12월 7일 공의회 마지막 전체 모임에서 교황 바오로 6세와「콘스탄티노플」의 정교회 아테나고라스 1세 총대주교의 공동성명이 발표됐다. 이성명은 1054년 당시 교황과 총대주교 대표들에 의해 선언된 상호 파문을 보류했다.

공의회 마지막 연설에서 바오로 6세는 공의회를 통해 교회는『공의회의 장엄함에 의해 교회의 교도역할과 사목적인 통치가 보다 큰 힘과 활력을 떠맡게 됨으로써 교회는 그 시대인류의 봉사자로 선언했다』고 말하고『봉사의 개념이 중심적인 것』이라고 밝혔다.

드디어 교황 바오로 6세는 1965년 12월 8일 공의회가 개막된지 3년이 조금지나 성베드로대성당에서의 미사로 공의회를 폐막했다.

이렇게 함으로써 교황 요한 23세의 아죠르나멘또 (교회의 쇄신) 는 진행되기 시작했다. (끝)