마반산에 교우가 처음에는 6백여 명이 있었는데 나중에 2~3천 명으로 늘어났으며 소나 말, 동물의 힘을 이용할 수 없어 교우들의 혈한으로 땅을 개간하고 밤 9시에 모여 기도를 함께 봉헌하였다. 이 교우촌에 서양 선교사들이 오는 것을 보고 1778년 어떤 사람이 마반산 사람들이 모반을 도모하고 있다고 고발하였다. 마반산에 갑자기 군인들이 와서 교우들을 죽이고 1백50여 명을 체포하였다. 많은 교우들이 혹형을 당하였으며 교우 7명은 옥사하고 1779년 9월 교우들을 변방에 충군시켰다. 충군은 군역만이 아니라 강제 노역을 시키는 경우가 많았다.

1781년 감숙성의 난주에서 회교도들의 반란이 있었으며 건륭은 이 토벌에 고심하였다. 1793년에서 1801년까지 백련교의 대반란은 위정자들에게 사교의 무서움을 골수까지 맛 보게 하였다. 중국에서는 역사적으로 볼 때 사교 형태로 힘을 규합하여 정부를 뒤집어 엎는 일이 많았다. 회교도와 백련교도에게 놀란 정부가 천주교도 의심하게 되었으며 포르투갈이 마카오를 점거하고 있었으므로 중국 정부는 서양 선교사들을 항상 경계하였다.

1780년대 섬서성 위남지구 일대에 포르투갈, 이태리,스페인 출신 선교사가 12명이나 있었으며 서안, 사천성의 미산 등지에 성당이 계속 존재했을 뿐만 아니라 선교활동도 계속되었으며 지방관의 조사를 받지 않았다. 서안에서 체포된 교우 초진장과 초귀명 부자가 자백하기를 섬서성 위남현은 서북 선교의 중심인데 서양 선교사가 여러 명 그 곳에서 선교하고 있다고 하였다.

심한 박해 중에도 마카오 주교가 1784년 선교사를 중국 내지에 3번 파견하였다. 1차로 10명의 선교사를 하북성 산서성에 파견하고 2차로 5명의 선교사를 산동성으로 파견하였으며 3차로 4명의 선교사를 호광에 파견하였다. 1784년 교난이 발생하기 전에 각 성에 선교사가 펴져 있었다. 선교사가 어느 지점에 도착되면 교우가 가서 맞이하여 다른 지역으로 연결시켜 주었다. 선교사 한 명이 호남성의 상담에서 호북성의 번성을 거쳐 양양에 도착했는데 체포되었다. 이 사건은 광동성, 복건성, 호북성, 호남성, 섬서성, 사천성, 산동성, 하남성, 감숙성 등 많은 성에 파급되었다. 사천성의 파티에르 주교와 3명의 신부가 숨어서 선교하다가 체포되어 혹형을 받고 8년간 감옥생활을 하였다. 1784년 세사리 신부 등 4명의 신부가 광주에 잠입하여 섬서성으로 가려다가 호광에서 체포되었다. 조정에서는 광동성 총독 손사의에게 엄하게 성을 지키지 못하여 서양 선교사들이 광동성을 통과하여 내지로 잠입한다고 문책하는 공문서를 보냈다. 중국의 긴 해안선과 광대한 강토 하천을 이용하면 거의 어디에도 은밀히 도달할 수 있으며 선교사들의 잠입이 용이하였다. 정부에서 서양 선교사들이 중국인과 얼굴이 크게 다른데도 불구하고 잠입하여 내지로 들어오는 것은 관헌들의 태만이라 생각하였다. 손사의는 3명의 서양 선교사가 체포되자 화가 나서 혹형을 하여 톨레 신부는 치명하고 2명의 선교사는 북경으로 압송되었다. 산서성의 마지 주교와 섬서성의 사코니 주교는 관청에서 교우들을 체포하여 주교와 신부가 있는 곳을 자백하라고 혹형을 한다는 소식을 듣고 신부 6명과 함께 관청에 가서 자수하였다.

구베아 주교는 포르투갈 출신으로 프란치스코회 제3회 회원이며 나라리스트회 회원이다. 1785년 수학자의 자격으로 북경으로 들어왔는데 이때 박해가 심하였으며 관할 구역은 남경교구까지 포함되어 있었다. 구베아 주교는 경공(敬孔)과 조상에게 제사를 절대로 지내지 못하게 하고 교우들에게 확인까지 하였다고 한다. 구베아 주교는 주문모 신부를 조선에 입국하게 하였다. 구베아 주교는 교우들의 기도생활에 특별한 관심을 기울였다고 한다.

박해 때 중국인 신부 7명과 교우들 이마에 먹물로 글자를 새겨 신강성 이리로 충군시켰다. 이리는 중국과 러시아의 경계선으로 이 지역은 경교 신자의 묘석이 6백여 개나 발견된 곳이다. 1784년에서 1785년에 이르는 교난 결과 천주교 선교가 멈춘 것이 아니라 「잠행전교지풍(潛行傳敎之風)」을 만들었다. 옹정 건륭 초기 교우 관원들이 있었는데 점점 감소되고 대분분의 교우가 농민, 공인, 상인, 어부 등이었다.