샬 신부의 죄목 중에 매년 2백~3백명을 입교시킨 것도 죄가 되었다. 양광선은 천주교를 사교라고 비난하면서 순치 황제도 천주교를 신봉했다고 비난하였다.

그리고 성경에 인류는 아담의 후손이라 한 것도 비난의 대상이 되었던 것이다. 천주교 선교사들이 마카오 예수회와 연락을 자주 가진 것을 양광선은 포르투갈과 밀계를 하는 것으로 모략하였다.

샬 신부 등 8명을 한칸짜리 감방에 두명씩 넣었다. 감옥에는 수인(囚人)으로 가득차 있었는데 매일 참수형(斬首刑)을 당하는 수인이 30여명이나 되었다. 이외에 심한 고문을 받아 신음하는 수인들. 옥안에서 죽어가는 수인들 아비규환으로 활지옥(活地獄)이라 하였다. 샬 신부는 몸이 마비가 된데다가 9개의 쇠사슬로 몸이 감겨 있었다.

1665년 1월 15일 형부에서 샬 신부에게 불괴를 도모한 주범이라하여 교수형을 과하고 페르비스트 신부 부글리오 신부 마갈하에스 신부 이조백에게는 각 장 백대를 결장하여 추방시키는 형이 과해지고 허 바오로는 장 백대를 결장하여 변지에 유배하는 형을 받았다.

중국 천문학계에는 중국회회(回回) 유럽 3개의 파가 있었다. 일식 시간을 계산해 내는 데 중국인 천문학자가 계산한 시간은 30분이 자나도록 일식이 일어나지 않았으며 회회인 천문학자가 계산한 시간은 15분이 틀렸으며 페르비스트 신부는 옥중에서 쇠사슬 형구를 매달고 일식 시간을 계산해 냈는데 정확하게 맞추었다.

페르비스트 신부가 예수회 본부에 보낸 보고서에 의하면 일식시간이 5분 빨랐다고 양심적인 고백을 하였다. 그러나 중국인들은 5분 빠른 것을 전혀 몰랐다.

샬 신부는 몸이 마비가 된데다가 노인이므로 9개의 쇠사슬을 풀어주고 우리나라의 칼(枷)과 비슷한 형구를 목에 씌웠다. 샬 신부는 옥중에서 호흡곤란을 일으켰으며 페르비스트 신부는 샬 신부가 언어장애를 일으키고 있었으므로 열심히 샬 신부를 변호하였는데 페르비스트 신부는 중국에 온지 얼마 안되므로 중국어가 능숙하지 못하였다.

샬 신부 등 8명은 다시 재판을 받게 되었는데 모 반대역죄를 적용하여 8명에게 모두 참수형(斬首刑)을 과하였다. 날이 갈수록 더욱 악화되어 8명에게 모두 능지처사형(凌遲處死刑)이 과해졌다.

샬 신부 등 8명의 사형선고 공문이 황제에게 올라갔을 때 북경에 지진이 일어났다. 지진이 첫날은 3번 계속 일어났고 3일동안은 한번씩 지진이 일어났다. 성내에 지진으로 부서진 집들이 부지기수였다. 북경성이 백여군데나 무너지기도 하였다. 샬 신부가 갇혀있는 감옥의 담도 모두 무너졌다. 지진때문에 황태후 황후 후궁들은 천막을 치고 그곳으로 피신하였다.

4월 19일 대사면이 발표되었으며 대사면이 내린 다음날 부글리오 신부 마갈하에스 신부 페르비스트 신부 허지점 허 바오로는 출옥되었다. 샬 신부는 감형이 되었으나 출옥되지는 못하였다. 4월 29일 황제와 황태후가 거처하는 곳에 화재가 발생하여 40여간이 소실되어 그 다음날 샬 신부도 석방되었다. 샬 신부, 페르비스트 신부, 부글리오 신부, 마갈하에스 신부를 광동으로 구축하기로 결정했다가 3일후 북경거류가 허락되었다.

1665년 봄과 여름에 각성으로부터 압송된 선교사가 모두 25명이었는데 예수회가 21명, 도미니꼬회가 3명, 프란치스꼬회가 1명이었으며 청 정부는 이 선교사들을 광동으로 구축시켜 그 해 9월 13일 남하하여 1666년 3월25일 광동에 도착하였다.

샬 신부의 병은 날로 악화되어 호흡곤란을 일으키고 인사불성이 될 때도 많았다. 샬 신부는 종부성사를 받고 1666년 8월 15일 오후 4시에 서세하였다. 샬 신부는 북경 책란(柵欄) 땅 마태오 리치 신부의 유택 바로 왼쪽에 안장되었다. 장례식에 참석한 조객이 5백여명 되었다. 샬 신부가 흠천감의 감정뿐만 아니라 순치 황제 때 황제의 고문까지 지냈었고 박해에 가담한 인물들을 볼 때 정치적 보복을 당한 느낌이 강하게 든다.