현재, 한국사회에서 가장 많이 발생하고 있고 사회적인 쟁점과 논란을 가장 크게 일으키고 있는 신흥종교는 그리스도교계 신흥종교이다. 지금까지 파악된 바에 의하면, 이 계통의 종단들은 1백개를 넘고 있으며, 신자의 수효는 약 40만명에 이르는 것으로 추산된다.

이 계통 신흥종교의 대부분은 6·25 직후에 발생하였다. 8·15광복 이전에도 정도교·조선기독교회·예수공의회 등 일부 그리스도교계 신흥종교들이 발생되기는 하였지만, 오늘날 한국의 신흥종교계를 주도하고있는 거의 대부분의 그리스도교계 신흥종교들은 6·25직후의 사회적 혼란기에 발생한 신흥종교들이다.

그러나 이들의 발생 여원은 한국사회에 개신교를 전달하였던 미국선교사들의 신앙유형과 성격, 그리고 그들의 선교정책과 깊은 관련을 맺는다. 대부분의 초기 미국선교사들은 내세주의·경건주의·신비주의·개인주의·성령중심·부흥중심 등을 특징으로 하는 근본주의신앙(fundamenatlism)의 소유자들이었다. 이러한 신앙형태는 개인의 성화(聖化)와 내세의 복락에 관해서는 큰 관심을 갖지만, 사경회(査經會)중심, 성례(聖禮)에 대한 소극성, 공동체의식의 결여, 사회제 도및 사회 참여에 대한 무관심, 반(反)에 큐메니칼성격 등을 수반함으로써 현실상황에 대해서는 무관심하거나 초월하도록 만다는 특성을 갖고있다. 당시의 미국선교사들은 이러한 신앙을 한국교회에 심고있었던 것이다.

또한 이들은 인종우월주의적 태도를 강하게 나타내면서, 경제적으로 한국사회와 밀접한 이해관계를 갖고 있었다. 이들은 한국인의 지적 수준은 자신들보다 낮아야한다는 전제아래 모든 교육을 저급한 수준으로 유지하려는 정책을 쓰고 있었으며, 거의 대부분의 선교사들이 경제 외교관이라고 할 정도로 경제적 이권을 갖고 있었다. 경인철도 부설권에의 개입, 운산 금광개발권, 압록강상류의 목재토벌권, 석유판매의 독점권 등 이들은 경제적인 이권에 깊숙히 개입하고 있었던 것이다.

여기에 덧붙여 당시의 선교사들은 선교정책에 있어서도 하류계층을 선교의 주 대상으로 하는 소위 네비우스(Nevius) 선교정책과 선교지의 분할정책, 엄격한 정교분리정책 등을 고수하고있었다.

이러한 미국선교사들의 신앙유형과 성격 및 생활방식, 그리고 선교정책 등은 일제의 침략에 대해서도 교회가 초월하도록 유도함으로써 민족주의자들로부터 심각한 반발을 일으키게 만드는 요인이 되었다. 민족과 국가의 비참한 현실을 외면한채 영적인 차원에서의 신앙만을 강조하는 선교사들의 가르침과, 교회운영에 대한 그들의 막강한 권력, 그리고 거기에 따른 그들의 횡포는 한국개신교의 비민주화과정으로 점차 규탄받기에 이르렀던것이다. 이러한 반발은 결국 일제시대에 이르러 소위 신학적 이단종파의 형성과 함께, 반(反)선교사적 종파·반교권적 종파·무교회주의종파·신비성령주의적 종파·환상적파분열운동으로 나타나게되었다.

그러나 이러한 종파운동이 곧 종말론적 사고와 메시아의 한국재림사상·선민의식 등을 특징으로하는 신흥종교운동으로 직결된 것은 아니었다. 종파분열운동이 신흥종교운동으로 구체화된 것은 8·15와 6·25를 겪은 이후였다. 오늘날 그리스도교계 신흥종교의 창시자들은 거의 대부분 어떤 형태로든 일제 시대에 나타났던 종파분열운동과 관련을 맺고 있다.

한국의 그리스도교계 신흥종교들은 몇가지의 공통된 특성을 갖고있다. 이들은 거의가 치유와 방언 등의 특수체험을 강조하는 신비주의적이고 열광적인 성격을 나타낸다. 또한 많은 종단들이 기도원 수도원 신앙촌의 형태를 이루기도 한다. 그리고 이들은 성서를 전체의 맥락파악보다는 자구적(字句的)으로 해석하는 경향이 강하다. 예를 들면, 요한 묵시록 7장 2절에서 언급되고있는「해돋는 쪽」은 한국을 지칭한 것이고, 12장 3절의「붉은 용」은 빨간 모자를 쓰는 교황을 말하며, 14장의 십사만 사천명은 말세에 구원을 받을 사람의 실제적인 숫자를 나타낸 것이라고 설명하기도 한다. 이들이 자주 인용하거나 강조하는 성서는「요한묵시록」과「이사야서」이다.

이들은 이 성서를 인용하여 메시아의 강림지는 한국이고 새시대의 중심지는 한국이라고 설명한다. 또한 종단에 따라서는 이 성서에 근거하여 8·15, 6·25, 4·19, 10·26 등과 같은 역사적 사건이나, 앞으로 나타날 남북통일과 북한의 남침시기, 또는 세계 제3차대전의 시간 등을 구체적으로 제시하기도 한다. 이들의 대부분은 말세의 시간은 임박했으며, 기성교회는 타락하여 구원이 없고, 자기 종단에서만 구원이 있다고 주장한다. 특히 대부분의 그리스도교계 신흥종교들은 하느님을「사랑과 구원의 주님」으로 보다는「심판과 징벌의 주님」으로 묘사함으로써 신자들에게 위기의식과 공포감을 불러 일으킨다.

그리스도교계 신흥종교중 비교적 규모가 크거나 활발한 활동을 하는 종단으로서는 세계1백여개국에 선교사를 파견하여 수많은 사업과 활동을 전개하고있는 통일교, 경기도의 부천과 덕소 그리고 경상남도의 기장에 신앙촌을 건설한 천부교회(전도관), 박태선 장로 뿐만 아니라 자신도「감람나무」라고 하면서 전도관에서 분파된 한국기독교 에덴성회, 1990년 안에 최후의 심판이 이루어진다는 영생교 하나님의 성회 승리재단, 말세의 징조를 파악하는데 관심을 집중시키고 있는 대한기독교장막성전, 1988년에 지구가 멸망된다는 하나님의 교회, 구약성서에 나오는 이스라엘의「단」지파는 환족(桓族)이고 단족(檀族)이며, 따라서 한민족이 아브라함의 정통을 이어받은 선민족(選民族)이라는 한국영생학회, 교주 자신이 정감록에서 나오는 정도령이라는 세계일주평화국 등을 들수있다.

반면, 불과 십여명 내외의 신도만을 갖고 있는 소규모 종단으로는 천사마귀교, 세계순금 등 대교회, 예수님 개혁 그리스도의 교회, 세계종교연합법황청, 주환인신도 애천부성령애교(主桓因信道愛天父聖靈愛敎) 등이 있다.

이밖에도 아직 교단 명칭을 갖고 있지 않은 종단들도 무수히 많다.